[VA] #26 – L'évolution expérimentale avec Pellichi

Bonjour et bienvenue dans cet enregistrement live de Vie Artificielle, enfin dans cette rediffusion d'un enregistrement live de Vie Artificielle où l'on va parler avec Pellichi d'évolution expérimentale. C'est quelque chose qui a été enregistré sur Twitch, ça fait partie des nouveaux contenus qui allaient arriver sur la chaîne que je vous avais un petit peu teasé, même si ce n'était pas censé exactement arriver dans cet ordre-là, mais ce n'est pas très très grave. Et au niveau des contenus sur Twitch, je vais me lancer dans des retours sur des vidéos précédentes, des vidéos qui ont un petit peu vieilli. L'idée, c'est de rafraîchir un petit peu le contenu, de refaire un enregistrement live, peut-être un petit peu plus détaillé, par contre moins monté derrière, pas monté même derrière, où j'interagis un petit peu avec les gens qui sont présents sur Twitch, s'il y en a à ce moment-là, ce genre de choses, et je reviens sur un sujet. Éventuellement, à la fin, je raconte quelques petites anecdotes de tournage, ce genre de choses, mais l'idée, c'est quand même plutôt de reparler du même contenu et d'aller peut-être un petit peu plus en détail que dans le format vidéo qui était diffusé sur cette chaîne.

Et en fonction des votes qui vont avoir lieu sur Twitch, ça va soit se jouer entre John Lilly, Timothy Leary ou Georges Buffon, et ça aura lieu donc sur Twitch, Quillcast, lundi 21 juin. N'hésitez pas à passer et venir, tout ça, tout ça. Voilà, sur ce, je vous laisse avec Pellicci et avec cet épisode de Vies Artificielles où l'on va parler évolution expérimentale, et un petit peu campagnolule de Pellicci, manga, ce genre de choses, vous allez voir, ça va être très cool. Donc bienvenue à tout le monde dans ce nouvel épisode de Vies Artificielles qui est enregistré live. Je suis comme d'habitude avec mon comparse Simon, bonjour Simon. Bonsoir tout le monde.

Et je suis aussi avec deux autres personnes. Alors je vais commencer par Jean, avec qui on a déjà enregistré pas mal d'épisodes, mais qui, dans le leurre complexe de Vies Artificielles, où les épisodes ne sont pas diffusés dans l'ordre, où certains sont assez longs à monter, il n'est pas encore apparu, mais on a déjà fait plein de choses avec toi, Jean. Oui. Vous ne saurez pas si c'est le méchant ou le gentil. Il paraît.

Vous l'apprenez, d'accord. On a parlé, entre autres, des fêles de l'intelligence artificielle, etc. Et on a, pour la première fois dans Vies Artificielles, une vraie biologiste. Coucou Pellicci. Coucou. Avec qui on va parler d'évolution expérimentale.

Oui. Une vraie biologiste qui a arrêté, mais j'espère avoir assez de laisse. Tu as fait une thèse véritablement en biologie. Moi, j'ai une thèse d'info. Et Simon et Jean, vous ne considérez pas que vous êtes principalement biologiste, sinon ? Pas du tout.

Non, non, vraiment. Moi, mon autorité, techniquement... De toute façon, même si je me considérais comme biologiste... Je ne vexe personne. À la rigueur bioinformatique, je peux prétendre être bioinformatique. Mais non, oui, oui, effectivement, on est bien loin de maîtriser les fondamentaux de la biologie comme Pellicci le fait, même si elle va nous dire que ça fait longtemps, etc.

Mais non, non, non, c'est certain. J'espère pouvoir vous apprendre des choses, c'est tout. C'est certain. Mais avant de parler de biologie expérimentale, on peut parler un petit peu de toi, Pellicci, parce que tu dis que tu as arrêté la biologie depuis cinq ans. Mais que fais-tu depuis cinq ans, du coup ? Eh bien, j'ai arrêté la recherche.

Pour écrire un bouquin sur la recherche. En fait, j'écris... Je suis auteur de bande dessinée de manga. Et j'écris un manga qui s'appelle Matériel et méthodes, qui parle de recherche scientifique, et qui décrit de façon plutôt réaliste comment ça se passe dans les labos. Et globalement, c'est un manga plutôt approuvé par les gens qui ont fait la recherche. Et donc, ça permet d'avoir un point de vue assez objectif sur ce petit monde.

C'est quelque chose... C'est quelque chose qu'on devrait donner à tous les gens qui veulent commencer un doctorat et qui se demandent comment ça va se passer, parce qu'il y a une vision très pratique de comment ça se passe. Non seulement, d'ailleurs... Enfin, il y a un certain nombre de choses qui sont spécifiques à la biologie dans ton manga, mais il y a aussi beaucoup de choses qui sont très générales à la recherche et aux docteurs en particulier, je pense. Je peux montrer peut-être... Je peux montrer peut-être très vite fait, si jamais je ne me loupe pas.

Donc, Matériel et méthodes, il se trouve qu'il y a un financement participatif en ce moment pour... Donc, Matériel et méthodes, c'est ton manga, à peine. Et tu fais un financement participatif pour le tome 3, n'est-ce pas ? C'est ça. Donc, le tome 3 est en cours de fin d'écriture, là. Et du coup, comme c'est un manga auto-édité, la publication est financée par une campagne de financement sur Ulule.

Et donc, là, la campagne est à peu près à sa moitié. Ça finit le 18 juin à minuit. Et vous pouvez, si jamais vous débutez la série, c'est aussi possible de débuter la série en participant à ce financement. Voilà. Il y a plein de goodies, plein de trucs très cools. Il y a plein de stretch goals fort sympathiques.

Je crois que le troisième stretch goal devrait se débloquer d'un instant à l'autre. On en est à 198%. Le troisième stretch goal est à 200%. Donc, clairement. On y est presque. Ah, c'est cool.

Et donc, c'est vrai que ça se passe dans un labo de bio, mais il y a quand même des gens qui ne font pas de labo qui arrivent quand même à s'identifier. Donc, je suppose que ça décrit quand même assez largement la recherche expérimentale. Je suis assez curieux de savoir si tu as fait ça juste avec ta propre expérience de chercheuse ou est-ce que tu es allé chercher d'autres anecdotes ou d'autres validations chez tes pères chercheurs pour écrire Material Zen Method ? Donc, il n'y a pas que, effectivement, mon expérience à moi. Sachant que quand on est doctorant, on est forcément doctoré par d'autres potes doctorants.

Donc, il y a aussi pas mal la force de mes amis parce qu'on est souvent à se raconter nos mésaventures de labo ou des choses comme ça. Même encore aujourd'hui, j'ai quand même des retours de gens qui sont encore au labo, qui me racontent un peu leur journée, etc. En ce moment, j'en réussis même avec le témoignage de personnes qui ne sont pas forcément chercheurs, mais par exemple qui sont techniciens, qui ont d'autres points de vue, pour essayer d'élargir un peu plus. Un peu plus là-bas, cette vision. Mais sinon, en vrai, ce n'est pas du tout autobiographique.

Il y a des petites anecdotes qui ont des trucs que j'ai moins vécu ou qu'on a tous fait parce qu'il y a des choses qu'on est obligé de faire quand on est au labo. Mais au-delà de ça, ça a plus pour vertu d'être assez généraliste. Et donc, oui, je me repose aussi sur ce qui est arrivé à d'autres ou ce qu'on me raconte, etc. Oui, je me doutais. L'anecdote de la carboglas, d'après ce que j'ai compris, est quelque chose que tous les gens qui ont été dans un labo, un labo de bio, ont vécu, entre autres.

Pas forcément bio, mais ceux qui ont manipulé la carboglas, il y a forcément des trucs à faire. Et on a Star Trek pour les nuls dans le chat qui nous demande si on est un peu proche du journalisme quand tu fais ça. Oui, c'est presque ça. Sauf que du coup, moi, je fais vivre ça un peu à la première personne puisqu'on suit un stagiaire. Donc, c'est plus immersif, en fait, qu'un simple reportage, entre guillemets. Ça a pour vertu vraiment d'accompagner quelqu'un dans son séjour, son découvert du monde de la recherche.

Et puis, voilà, de voir tous les petits tracas du quotidien. Du coup, maintenant que tu es plus chercheuse active, on va dire, est-ce que tu vas à la recherche vraiment sur le terrain ? Tu vas chercher d'autres histoires de plus en plus pour écrire les prochains tomes ? Et du coup, faire un travail qui se rapproche peut-être ? Oui. Légèrement du travail de journaliste ?

Ou est-ce que tu t'imprègnes, mais de manière un peu plus passive, de la culture scientifique ? Il y a des fois, j'ai un peu besoin de revenir dans un labo. Alors, à la fin du temps, ce n'était pas trop possible. Mais de se réimprégner des lieux parce qu'il y a des choses comme ça qu'on oublie un peu. Et pour le reste, je pense que de toute façon, la série n'a pas vocation pour être très longue. Donc, globalement, avec ce que j'ai déjà, il y a déjà de quoi faire.

Parce que n'importe qui qui a fait une thèse sait que c'est déjà beaucoup de choses à raconter. Mais j'aime bien quand même un peu éteindre, même si ce n'est pas forcément des données que je vais toutes utiliser ou quoi. Mais quand même demander un peu à des gens leur retour au cas où ça puisse quand même enrichir le récit. Effectivement, dans ce cas-là, ça ressemble un peu à du journalisme. C'est vrai, je demande aux gens, je les appelle et je leur dis « mais comme ça, tu fais comment ? » Oui, c'est vrai qu'il y a un peu de ça.

Je me doutais qu'il y avait... C'est marrant. C'est exactement ce que Tartrec pour les nuls disait, du coup. Exactement, tout à fait. Très bien recoupé. Bonne question, du coup.

Ça me surprend, moi, je ne le voyais pas comme ça. Mais du coup, c'est assez cool aussi. Oui, donc tu dis que ce n'était pas prévu pour être très très long. C'est prévu en combien de tomes, du coup ? C'est censé être bouclé en quatre tomes. Alors, à voir si j'arrive à en boucler avec le quatrième tome.

Mais normalement, voilà. Tu vas nous faire une George R. R. Martin en rajoutant un tome à chaque fois, non ? Je ne pense pas, je ne sais pas. Espérons. Financièrement pour toi. Est-ce qu'à chaque fois, tu prévois, genre, là, je vais tout pouvoir mettre en un tome,

mais à chaque fois, tu te rends compte que c'est beaucoup trop long et ça tient bien ? Non, non, non. J'ai jamais voulu qu'elle ait tout en un ou deux tomes, parce que je sais que c'est déjà beaucoup trop. Et puis, quelque part, ça laisse le temps aussi à la série d'avancer. C'est bien, c'est pas mal pour s'attacher au personnage.

Mais je n'ai pas non plus envie de faire une série trop longue, parce que j'ai peur de menacer aussi. Et sachant que, moi, plus ça va, plus je m'éloigne du monde de la recherche aussi. C'est-à-dire que j'ai de moins en moins cette expérience. Et donc, l'expérience que j'en ai va aussi être datée, quelque part. Et je n'ai pas envie que ça se ressente sur le récit.

Et voilà. Après, il y a plein d'anecdotes intéressantes. Mais de là à en faire une histoire qui avance quand même, c'est un peu important. Donc, je ne veux pas non plus que ça se ressente. Que ce soit trop long. Du coup, Rémi demande dans le chat.

Et du coup, est-ce que tu penses déjà à l'après ? Est-ce que je pense déjà à l'après ? J'ai réfléchi encore un peu. Mais à ce qui parle, il y a des gens qui veulent que je fasse une BD un peu bizarre. Donc, on va voir. Ouh, ça tease.

On va avoir plus de détails, c'est quoi ? C'est un spin-off fantasy de mon manga. Visiblement, il y en a qui seraient intéressés. C'est parti. C'est parti d'une blague pour un 1er avril. C'est parti d'une blague pour un 1er avril.

Et on m'a dit, non, mais ça peut être super cool. Et en vrai, j'y réfléchis. Je ne sais pas si j'y irai ou pas. Pour l'instant, c'est juste dans un coin de ma tête. Ça marche. On reviendra un petit peu sur Material and Methods et l'Ulule à la fin.

Mais du coup, on peut peut-être parler un petit peu évolution expérimentale. Et aussi un petit peu vie artificielle. On est dans un podcast qui parle de vie artificielle. Et ce qu'on a dit régulièrement dans le podcast, et ce qui est sans doute assez acté, je pense qu'on est d'accord, Simon, Jean et moi, là-dessus,

c'est qu'assez souvent, ce qui est reproché aux conférences de vie artificielle, c'est souvent beaucoup d'informaticiens et pas beaucoup de biologistes. C'est clairement un défaut de la vie artificielle. Et on était intéressés d'avoir un petit peu, ce point de vue d'une biologiste. Est-ce que tu as entendu parler de la vie artificielle ?

Est-ce que tu as une vision d'informaticien faisant de la biologie ? Ou est-ce que c'est tellement déconnecté et finalement assez petit comme domaine ? Parce que la communauté de la recherche en vie artificielle, on en parlait dans un live précédent qui sera diffusé prochainement. Prochainement.

Ce n'est pas forcément énormément de monde. Il n'y a pas de master en vie artificielle, par exemple, ou ce genre de choses. Alors, on en entend parler. Dans des conférences d'évolution expérimentale, par exemple, il n'y aura pas de représentant de vie artificielle, par exemple.

C'est vrai que... Mais par contre, on sait qu'il existe des simulations. Parce qu'il y en a qui abordent le sujet par ces deux aspects, l'aspect expérimental et l'aspect théorique, en simu. Mais c'est vrai que moi, personnellement,

je n'ai pas vraiment côtoyé de gens qui faisaient de la vie artificielle. Est-ce que, du coup, les expériences dont tu parles, les simulations dont tu parles, ça va plutôt être des gens qui vont reproduire ce que vous faites, mais pour tester ou pour valider, invalider vos trucs, mais qui, du coup, le font pas avec une approche forcément de vie artificielle,

mais plutôt juste une approche de OK, on a fait ça en vrai, est-ce que je peux faire un modèle qui va le valider ? Oui, je pense que ça se rapproche plus de la modélisation, que de la vie artificielle. Moi, la vie artificielle, ce n'est pas quelque chose que j'ai...

que quand j'ai fait de l'évolution et tout, ce n'est pas du tout un aspect que j'ai abordé. Et ce que tu m'avais dit, par contre, c'était plus le terme, peut-être, Evolution in Silico, avec lequel, pour le coup, tu étais plus familière et dont tu avais davantage entendu parler, non ?

Oui, oui. Mais en fait, on en entend parler, mais quelque part... Ça reste très déconnecté, peut-être ? Je ne sais pas. Oui, voilà. C'est ça, on peut avoir des réponses théoriques dessus,

mais ce n'est pas ça, c'est que, quelque part, je ne suis pas sûre que ça réponde tout à fait aux mêmes questions. Je ne sais pas si vous voyez ce que je veux dire. Par exemple, un des grands challenges de l'évolution in Silico, version écosystème virtuel, des trucs genre Tierra, ce genre de choses dont on a déjà pas mal parlé à plusieurs reprises,

ça va être de... de recréer ce qu'on appelle de l'évolution open-ended, de l'évolution ouverte qui ne s'arrête jamais, qui produit sans arrêt de la nouveauté biologique, enfin, biologique, de la nouveauté tout court, de la nouveauté qui ressemble à de la biologie.

Est-ce que vous allez avoir ce genre d'objectif en évolution expérimentale ? Le fait que vous posiez la question, est-ce que l'évolution est open-ended, est-ce que ça veut dire que, genre, est-ce que ça ne va pas tout converger ? C'est ça, la question ? Oui, c'est ça. C'est...

Ça répond à un problème qui est sans doute hyper spécifique à notre champ, je crois. Ah oui, oui, je vois, je vois, je vois, je vois. Oui, c'est vraiment une formulation très spécifique, oui. Alors, en fait, je crois que les premières expériences d'évolution en long terme, c'était justement pour répondre à cette fameuse question, je crois que c'est la marque qui posait la question,

est-ce que si on rejoue l'évolution, on obtient le même résultat ? Et quelque part, l'expérience d'évolution à long terme, elle est là pour ça, elle est là pour répondre à ces questions. Est-ce que si je rejoue l'évolution plusieurs fois, est-ce que j'obtiens le même résultat ? Oui. Et la réponse est non.

Mais du coup, quand l'expérience a été lancée, on ne savait pas. Oui, mais est-ce que la réponse est complètement non ? Il n'y a pas des... L'expérience de Lemski, j'avais regardé ça il y a très longtemps, je ne me rappelle plus. Je ne sais pas où ça en est maintenant, d'ailleurs. Je n'ai pas trop regardé, j'avoue, récemment, mais je suis très curieux.

Mais est-ce que, justement, une des conclusions, ce n'était pas qu'il y avait quand même beaucoup... Donc, pour rappel, c'est genre 12 souches, c'est ça, qui évoluent en parallèle, je crois, et qui étaient clonales à la base. Et est-ce que, justement, on ne trouve pas qu'il y a une convergence de certaines mutations

qui se retrouvent à chaque fois en parallèle dans les familles ? Il y a des convergences, mais il y a aussi des phénomènes qui sont uniques dans certaines populations. Si tu veux, il y a des choses qu'on voit apparaître à plusieurs reprises, mais déjà, ce n'est pas dans les 12 populations. Donc, déjà, c'est signe qu'il n'y a pas une grosse convergence.

Et ensuite, il y a des phénomènes qui sont uniques à une ou deux populations. Et donc, de ce truc-là, clairement, on peut dire qu'il n'y a pas une convergence obligatoire, quelque part. Il y a des convergences obligatoires dans le sens où on les cultive dans un seul et même milieu pour toutes les populations. Et donc, ça introduit une certaine contrainte,

c'est-à-dire que ça dirige l'évolution quelque part. Mais finalement, le résultat n'est pas le même partout. Du coup, qu'est-ce que c'est que l'expérience de Lenski ? Avant d'en parler, de rentrer directement dans le vif du sujet, peut-être qu'on va présenter le truc. Donc, l'expérience de Lenski, c'est une expérience lancée par quelqu'un

qui s'appelle Monsieur Lenski, incroyable. Richard Lenski. Aux Etats-Unis, son expérience est relativement simple. C'est de se dire que les micro-organismes, ça se cultive très bien. Et donc, on peut maintenir des populations bactériennes pendant très longtemps. Et en plus, l'avantage, c'est qu'on peut congeler des échantillons à temps régulier

et puis les ranimer, puisque ça se conserve très bien au congélateur. En gros, son idée, c'est de se dire, je vais faire évoluer une population de micro-organismes. Je vais voir comment ça se comporte en prélevant des échantillons à temps régulier. Et donc, à partir d'une seule et même souche, c'est une souche un peu particulière d'Echerichia coli. Ce n'est pas la souche qu'on utilise régulièrement au laboratoire. Il a pris deux souches avec deux phénotypes particuliers,

qui sont un arabinose plus et un arabinose moins. Donc, c'est des souches qui peuvent métaboliser l'arabinose ou pas. Et à partir de ces deux souches, il fait six populations. Donc, six populations arabinose plus, six populations arabinose moins. Ça fait douze populations au total. Et il les cultive.

Dans un milieu assez pauvre, où il y a du sucre et quelques sels. En gros, il n'y a pas grand-chose. Et il va lancer la culture de ces douze populations. Chaque jour, elles sont repiquées. Et ça fait plus de trente et quelques années que ça dure. On en a plus de cinquante mille générations.

Naïvement, mais pourquoi, du coup, il est parti avec deux arabinoses plus, arabinoses moins ? Je crois que c'est pour une raison super pratique. C'est de pouvoir les mettre en compétition. C'est-à-dire que quand on veut vérifier que... Une population est plus adaptée qu'une autre. On fait un test qui s'appelle un test de compétition.

Et il faut un marqueur. Pour pouvoir distinguer les deux populations. Et du coup, le métabolisme de l'arabinose, c'est un marqueur. Parce que certaines souches sont colorées et pas d'autres. Ok, d'accord. Du coup, moi, assez souvent, je vends les expériences d'Evolution in Silico en vie artificielle en mode

Ouais, l'avantage qu'on a par rapport aux biologistes, c'est qu'on peut rebooter l'évolution, etc. Ce genre de choses remontées dans le temps. Et là... Là, avec ton histoire... Yenski, vous faites de la concurrence. Après, ça prend quand même 30 ans.

C'est pas les mêmes ordres de vendeurs aussi. Ouais, on a sans doute encore l'avantage du coût qui est un peu... Clairement, en coût et puis même en main d'œuvre. Parce qu'il faut quand même entretenir ces populations. Ça veut dire qu'il y a quelqu'un qui est là pour repiquer les populations tous les jours. Mais du coup, question très bête, avec le Covid, comment ils ont fait ?

Je ne sais pas du tout. À mon avis, il y avait des astreintes. Ouais, des autorisations et tout. Moi, dans le labo aux États-Unis avec lequel on bosse, pour le coup, ils ont été obligés de détruire toute l'animalerie. Mais enfin, je veux dire, là, dans ce cadre-là, ce serait horrible. Ça arrêterait con.

Déjà que c'est horrible dans... Après, au pire, il y a toujours l'option de... On congèle l'échantillon et on réserve ça pour l'année plus tard. C'est vrai. C'est toujours une option, mais tout dépend de la... Enfin, je ne sais pas, ça se trouve, en fait, le laboratoire de Richard Lenski a un site, je crois qu'il est plutôt bien maintenu.

Donc, ça se trouve, ils ont mis des news à ce propos. Mais, enfin, soit il y a quelqu'un qui est là pour faire le repiquage. Une seule personne suffit, ce n'est pas très long. Sinon, on congèle les échantillons et on refait un repiquage à partir des échantillons congelés. En gros, c'est... L'option pause existe.

Flexible. Vraiment, on n'a rien de plus que vous. Vous pouvez non seulement rebooter l'évolution, mais en plus vous pouvez faire des sauvegardes. Après, en vrai, il y a quand même le fait que si tu... Quelque part, la congélation, c'est aussi une certaine contrainte. Donc, tu peux...

Tu ne peux pas considérer que c'est forcément non... Enfin, ça n'a pas de conséquence. Tu peux... Tu peux... Ça se trouve, il y a des conséquences. Et donc, le moins possible, il faut éviter, quoi.

Toi, du coup, tu as travaillé sur cette expérience. Ton sujet, c'était quoi en quelques mots ? Enfin, ou pas en quelques mots, d'ailleurs. En aussi détaillé que tu as envie. C'est la question. La question qu'on attend tous depuis le début.

En plein, plein de mots. Qu'as-tu fait ? Qu'as-tu fait ? Qu'as-tu fait ? Donc, le véritable titre de ma thèse, c'était l'étude de la dynamique des taux de mutation. Je ne sais pas si c'est assez clair.

Donc, en gros, la question, c'était de savoir à quelle vitesse les génomes évoluent dans cette expérience. Et notamment, quelles sont les contraintes. En fait, c'est dû au fait que dans l'expérience de Lenski, il y a six populations sur les douze qui ont développé un phénotype qu'on appelle hypermutateur. Donc, c'est un phénotype dans lequel les gènes de réparation de l'ADN sont endommagés et le taux d'apparition des mutations est beaucoup plus élevé.

Donc, c'est un facteur 100 à un facteur 1000 de mutation par génération. J'espère ne pas me tromper sur les ordres de grandeur, mais il me semble que c'est ça. Et c'est un phénomène qui apparaît six fois dans les douze populations. On peut, du coup, se poser la question qu'est-ce que ça a comme impact sur l'évolution de ces populations ? Comment est-ce que ça se régule ? Est-ce qu'au bout d'un moment, des mutations vont apparaître pour compenser ce phénotype hypermutateur ou pas ?

Parce que si c'est trop délétère, ça va sélectionner les mutants qui ont une mutation compensatrice. Donc, ils vont, quelque part, compenser ce défaut par un autre défaut pour revenir à un taux de mutation plus bas ou pas. Et c'était ça la question. À quelle vitesse les génomes évoluent ? Est-ce qu'il y a des contraintes dessus ? Et aussi, est-ce qu'il y avait des endroits particuliers dans lesquels les mutants évoluent ?

C'était une autre partie. Ok. Excellent. Et du coup, est-ce que tu as eu certaines conclusions là-dessus ? Qu'est-ce que ça a donné ? Même si, une thèse, on répond rarement à la totalité des questions. Donc, en fait, moi, j'ai étudié une population en particulier parmi d'autres.

C'était une population qui avait un taux de mutation assez élevé. Et la question, c'était de savoir, voilà, en fait, donc on savait qu'elle accumulait les mutations très très vite. Est-ce que c'était délétère ou pas ? Et, en gros, donc il fallait qu'on mesure les taux de mutation. Parce qu'on a les génomes, on a le taux d'apparition de mutation dans le génome

parce qu'on séquence régulièrement des échantillons. Mais il fallait les mesurer expérimentalement. Donc, j'ai aussi mesuré expérimentalement ce taux. J'ai constaté que c'était effectivement le cas, que c'était des taux de mutation assez élevés et que ça se maintenait dans le temps. Très bien.

Et que vous considérez que, quelque part, il n'y a pas vraiment de contre-sélection de sphénotype hypermutaseur alors qu'il y a vraiment des mutations partout. Et du coup, quand tu dis que tu le fais expérimentalement, parce que tu prends les génomes, tu regardes les taux de mutation, j'imagine qu'il y a des façons de calculer pour voir à quelle vitesse ça mute.

Mais après, expérimentalement, c'est une autre façon ? Tu reutilises des bactéries ? Oui, c'est ça. C'est une expérience assez particulière. Ça s'appelle l'expérience de Luria Delbruck. C'est une expérience dans laquelle il faut lancer une culture.

Et en gros, je crois que l'idée part du principe que... En gros, le but, c'est de faire une sélection sur antibiotiques et de voir la proportion de mutants qui vont apparaître dans ta culture qui vont résister à l'antibiotique. Et du coup, ça permet de mesurer les taux de mutation comme ça. C'est une expérience un peu fastidieuse,

mais on peut mesurer expérimentalement les taux de mutation. Ok. Je comprends bien. L'idée, c'est que tu vas mettre tes bactéries qui sont toutes les mêmes. Tu mets un nouveau... Quelque chose qui va...

A priori, qui va les détruire. Et s'il y en a qui restent, c'est parce qu'elles ont muté si elles restent. En fait, oui, c'est ça. Donc, en gros, ce qu'il faut faire, c'est relancer ta culture avec très peu de bactéries que tu vas considérer non mutantes. Parce que vu que tu en as très peu,

le fait qu'elles aient déjà sa mutation contre l'antibiotique qu'elles n'ont pas vu, qu'il n'y a pas dans le milieu, en fait, c'est quasi nul. Et du coup, tu lances cette culture. Et tu regardes, à la fin de la culture, combien ont développé un phénotype résistant

durant un seul cycle de culture. Et donc, en calculant le nombre de reproductions qu'il y a eu et le nombre de mutants qui sont apparus, tu peux arriver à un taux de mutation. Ok. Intéressant. Ça se présente comment, physiquement ?

Elles sont dans quoi, les expériences de Lenski ? Ah ! Excellente question ! C'est une culture en milieu liquide. Donc, en fait, c'est des Erlenmeyer avec un fond de... de milieu de culture.

Et le repiquage se fait de façon... genre, c'est une dilution. Une dilution d'un cent millième, je crois. Ok. Donc, niveau durée, j'imagine que c'est quelques années, donc la durée d'une thèse

sur laquelle tu vois cette évolution. Ou alors, tu avais des étapes intermédiaires et tu as refait, je ne sais pas, plusieurs exp durant la thèse. Les durées, c'est dans quel ordre ? En fait, j'avais toutes les générations...

Enfin, pas toutes les générations, mais en gros, moi, j'ai étudié une population et j'avais les échantillons de 0, 5000, 10000, 20 000, 30 000, 40 000 générations, 50 000 générations.

Et de là, voilà, tu fais l'expérience. Mais en gros, toi, ce que tu as, c'est le résultat de l'expérience qui a été lancée depuis 35 ans. D'accord. Mais tu en as un résumé, quoi.

Est-ce que tu as quelques autres exemples de résultats ? Je crois que l'un des résultats les plus connus, c'est l'apparition de sous-populations dans une des populations. Donc, en fait, il y a une population

qui s'est fragmentée en deux sous-populations. Il y en a une qui est capable de métaboliser les citrates. Et du coup, ça fait une espèce de... En fait, il y a une population qui mange les déchets de l'autre sous-population,

je crois, un truc comme ça. D'accord. Du coup, ça fait deux populations qui coexistent dans une seule et même culture. Et je me demande si, quand je suis partie, il n'y avait pas...

Il ne se demandait pas si ça était apparu dans une autre population. C'est quand même balèze, l'apparition de la symbiose, de la coopération. Ce n'est pas vraiment une symbiose, mais c'est vraiment l'apparition

d'une sous-population, de deux sous-populations qui coexistent. Ok. Mais l'une pourrait survivre sans l'autre ? Il me semble que oui. Il me semble qu'elles peuvent,

toutes les deux, métaboliser du glucose. Parce que, en gros, c'est un peu la seule source de nourriture dans le milieu, c'est du glucose. Et donc, du coup, le fait que deux sous-populations apparaissent

avec une seule et unique source d'énergie, c'est quand même fort. Et est-ce qu'elles restent très proches génétiquement, ces deux populations ? Ou elles divergent suffisamment pour peut-être être considérées,

je ne sais pas... J'allais dire deux espèces peut-être ? Non, elles restent proches. Elles restent très proches ? Ok. Normalement. Par contre, c'est une véritable question,

parce qu'une fois que tes deux populations sont fragmentées, elles peuvent commencer à évoluer différemment. Et donc, diverger, et donc, éventuellement, un jour, faire une spéciation,

mais c'est trop tôt pour parler de spéciation à ce moment-là. Et alors, du coup, justement, de la spéciation pour les organismes unicellulaires, ça se passe comment ? Ah !

C'est l'enfer ! Non, comme je disais la dernière fois sur notre stream Évolution, c'est des conventions, en fait, les espèces en micro-organismes. Et du coup,

comme il n'y a pas de reproduction sexuée, on ne peut pas se servir du critère peut se reproduire et il y a une descendance fertile. Et du coup, on a d'autres critères qui sont le taux de similarité

et d'identité au niveau génétique. Ok, make sense. C'est là où c'est incroyable à quel point c'est proche de ce que nous, on peut faire, quoi. Vu que, pareillement,

on a, en général, des chiffres. Nos agences sont identifiées par des chiffres ou des trucs comme ça. Et là, tu es pareil. Tu dis à quel moment les deux chiffres sont différents.

C'était aux chiffres. Littéralement, la spéciation en algorithme évolutionnaire, c'est une technique, c'est algorithmique et le moyen de définir

qu'un individu appartient à une espèce ou une autre, c'est juste la distance génétique. Tu définis un opérateur de distance et tu dis, tiens, c'est une espèce ou une autre.

Oui, mais en même temps, il n'y a pas tellement d'autres moyens à part un moyen. Et à la rigueur, ceci, je ne sais pas s'il y a même en vie artificielle,

s'il y a en vie artificielle des expés des écosystèmes virtuels, des trucs de long terme avec de la reproduction sexuée qui pourraient donner du coup de la spéciation au sens Buffon.

Généralement, les expés d'Evo & Silico, c'est plutôt le même modèle. On est plutôt sur des bactéries que des mammifères. J'ai l'impression.

Il y a peut-être des contre-exemples. Ça me fait penser à un truc que j'écoutais il n'y a pas longtemps une interview de Rico, Risto Mikulainen, qui est donc très connu

en vie artificielle. Il disait qu'il faudrait reprendre toutes les expériences de vie artificielle qui ont été faites et être beaucoup moins impatient parce que sans doute

qu'on pourrait voir émerger des choses vraiment très cool avec rien que les algorithmes qui ont déjà été développés et les expériences qui ont déjà été faites.

Ça me rappelle pas mal l'expérience de Lenski du coup parce que ce qu'il dit, c'est qu'on est trop impatient et on a juste un objectif en vie artificielle

qui est de voir par exemple nos créatures faire quelque chose, réussir un objectif. Mais en vrai, on a déjà sans doute les bases algorithmiques

pour arriver à une divergence dans l'évolution. Ceci dit, c'était ce que disait le nom du créateur de Tierra, il m'échappe à l'instant,

mais le créateur de Tierra, que si jamais ça ne marchait pas... Je pense qu'on devrait faire payer David à chaque fois qu'il dit Tierra. Une nouvelle fois.

De la sponsorie. Un sub. Un sub. J'avoue. Que l'expé, si jamais ça avait tendance

à converger, c'était parce que l'espace était trop petit, que la durée n'était pas suffisamment importante. Et le souci,

c'est que malgré tout, il n'y a pas nécessairement eu de... Il y a eu plein d'écosystèmes virtuels qui ont expliqué que non, leurs modèles ne convergeaient pas

ou qu'ils étaient open-ended, mais je n'ai pas l'impression qu'il y ait eu quelque chose qui ait convaincu tout le monde

sur le fait que oui, là, on avait... On était sur quelque chose de fondamentalement complètement différent

de Tierra. Du coup, je ne sais pas... Oui, oui, tu as raison. Ça fait un bon moment

qu'on essaye de faire des... Je ne sais pas si quelqu'un a, dans sa cave, un Tierra

des années 80 qui est toujours en train de tourner. Je ne sais pas si quelqu'un a dans sa cave

des Tierra. Ça serait marrant, oui. Mais le problème, c'est que oui, enfin, la puissance,

ça devient vite plus intéressant d'acheter une nouvelle machine que de laisser tourner la même simulation pendant 10 ans.

J'avoue, c'est clair. C'est l'un des avantages du truc. Moi, j'avoue, là, le truc de Mikulainen,

je ne suis pas trop convaincu pour l'instant, mais... Non, alors, il disait...

Moi, je trouvais que c'était un argument assez intéressant. On ne va peut-être pas parler de ça aujourd'hui.

On va l'inviter et on va lui demander de se défendre assassinement. Moi, en plus, je n'ai rien lu,

je n'ai rien lu de tout, mais j'ai juste envie de critiquer. Du coup, on a parlé de spécialisation

dans l'expérience de Lenski. On a parlé de ce que tu avais fait toi,

de ton côté. Qu'est-ce qu'il y aurait comme autre résultat intéressant, peut-être, qu'on n'aurait pas

abordé du tout dans l'expérience de Lenski ? À ce niveau

où, je ne sais pas, on a peut-être tout abordé, je ne sais pas. En fait,

globalement, l'expérience de Lenski, elle sert surtout à étudier les mécanismes de l'évolution

parce qu'il n'y a pas juste le résultat qui compte, il y a aussi la façon dont ça évolue.

Et donc, ce que j'ai oublié de dire, c'est que la souche qu'il a utilisée, elle est assez particulière

dans le sens où elle ne fait pas de transferts horizontaux. Donc, les transferts horizontaux, enfin,

l'ADN qui traite dans l'environnement ou de conjuguer avec quelqu'un d'autre. Mais ça, en fait,

ce n'est pas quelque chose que la souche qui a été utilisée peut faire. Et donc, son évolution,

elle est forcément due à des mécanismes internes qui sont soit la mutation, soit

des éléments mobiles. Éléments mobiles, donc des morceaux d'ADN qui se déplacent. Donc,

si je ne dis pas de bêtises, les ADN des bactéries sont une espèce de cercle, et du coup,

éléments mobiles, c'est un morceau du cercle qui se déplace à un autre morceau du cercle.

C'est ça ou je décris très mal ? Je ne sais pas. Oui, c'est ça. Ce sont des éléments

qui peuvent se reproduire et se déplacer. Je crois que ça s'appelle les transposons, si je me souviens bien. Et du coup,

ces éléments-là sont aussi moteurs d'évolution parce que, quelquefois, ils interrompent

des gènes quand ils se déplacent. Et ça peut aussi être un moteur d'évolution. C'est une transposition.

Ils se déplacent juste ou ils se dupliquent de temps en temps, genre, tu vas avoir

de la redondance à partir de ce mécanisme ? C'est ce que je me pose comme question, mais il me semble que ça se duplique.

OK. Du coup, pour revenir à… Parce que là, tu parles des moteurs

de l'évolution, donc les mutations et ces transposons. Les mutations, c'est surtout ce que tu as étudié.

Et tu as montré que les taux de mutation étaient… En fait, les bactéries ont un taux de mutation

beaucoup plus élevé, 100 000 fois plus élevé. Du coup, c'est sélectionné, on a l'impression, presque ?

Oui. En fait, la véritable question, c'était ça. Est-ce que c'est quelque chose

qui arrive parce qu'il y a de la dérive ? Ou est-ce que c'est quelque chose qui est sélectionné ?

En fait, là, je lisais, c'est visiblement un processus qui est sélectionné.

C'est-à-dire que en fait, le truc, c'est que ce n'est pas forcément mieux, mais il y a aussi

plus de chances d'avoir des mutations dans l'éther, sachant que les mutations dans l'éther sont plus fréquentes

que les mutations bénéfiques. Mais il se trouve que visiblement, ça a aidé d'évoluer plus vite puisque c'est reproductible.

Ça se produit six fois quand même. Et en fait, même à long terme, on n'arrive pas à des…

Il n'y a pas de descente de taux de mutation. Si tu veux, on ne trouve pas un taux de mutation basal.

Alors qu'on pourrait essayer de… C'est-à-dire qu'il pourrait y avoir apparition de taux de mutation qui diminuerait,

mais ce n'est pas toujours le cas. Comme tu disais, ce que tu disais qui avait l'air justement d'aller

dans ce sens-là, c'était que si on a beaucoup de mutations et qu'on a forcément des délais d'éther, tu t'attends à ce que

assez vite, un système de réparation de ces mutations qui va justement éviter qu'il y ait ces mutations de délais d'éther

soit sélectionné et que du coup, tu réduises ton taux de mutation et qu'en fait, ce n'est pas le cas.

En fait, souvent, ce qui se passe c'est que justement, le taux de mutation augmente

et donc, il faut une mutation compensatrice pour que ça soit entre guillemets rétabli,

mais ce n'est pas quelque chose qui arrive. En tout cas, on ne retrouve pas un régime basal.

C'est génial de pouvoir quantifier la dérive génétique d'ailleurs, vu que c'est l'un des gros débats

en biologie évolutionniste, le fait de savoir à quel point est-ce que la dérive génétique joue autant,

moins, plus que la sélection naturelle. Bon, c'est de la quantifier dans un certain contexte,

mais il n'y a pas trop d'autres méthodes pour la quantifier dans le vivant que ça. Ça semble très cool.

Et oui, ce que tu disais tout à l'heure, si je comprends bien, avec cette souche de bactéries,

vous êtes assuré d'avoir des lignées bien propres où chaque bactérie aura une succession

d'ancêtres qui ne vont pas se croiser. C'est-à-dire que contrairement aux transferts d'ADN

où on se rend compte de plus en plus que l'arbre phylogénétique du vivant est souvent un gros bordel

parce que tu as des espèces qui sont très l'une de l'autre dans l'arbre phylogénétique

qui se sont fait passer des gènes de l'un à l'autre. Vous, vous avez un truc beaucoup plus propre

ce qui est plus cool niveau évolution. Mais après, est-ce que ça ne pourrait pas aussi avoir

de l'intérêt d'avoir justement des transferts pour voir les effets,

enfin, je ne sais pas, les effets de l'un à l'autre ou ça rendrait les choses tellement compliquées à analyser

que finalement, si jamais il y avait des transferts, ça casserait complètement le principe de l'expérience ? Ça rendrait

l'expérience plus complexe. C'est-à-dire que du coup, pour réparer ton ADN, enfin, par exemple, pour réparer

ton gène de mutation, enfin, ton gène de réparation de l'ADN, c'est plus facile de récupérer une copie

de quelqu'un qui n'a pas la mutation que de le réparer parce que ça demande beaucoup plus de chance. Disons que c'est plus difficile

de récupérer quelqu'un qui n'a pas la mutation que de le réparer. Oui. Et donc,

je regardais ce qu'il en était des résultats et donc, le taux de mutation reste élevé

mais il diminue quand même un peu. Ça se stabilise quelque part mais en même temps, en même temps qu'on a des populations

qui ont des taux de mutation vraiment, vraiment très, très élevés et donc, quelque part, il faut,

au bout d'un moment… Moi, ce qui me surprend un peu avec ces taux de mutation très élevés,

c'est que elles revenaient à avoir des taux de mutation élevés dans des cas ou dans des situations

avec beaucoup de stress, beaucoup de différentes pressions de sélection. Là, on dirait que c'est ce qui se passe

mais pourtant, la pression de sélection n'a pas l'air d'être… Elle n'est pas forte. Elles sont dans leur petit… Elle est le meilleur,

pépouze et… Oui, mais c'était la vraie question. Est-ce que… Est-ce que…

Comment dire ? C'est un milieu stable et c'est ça qui est fou. C'est qu'en fait, c'est un milieu stable et il y a quand même

des générations d'évolution et même là encore, elles continuent à évoluer. Alors par contre, elles sont adaptées, elles s'adaptent très vite

et les mutations qu'elles commencent à accumuler là, c'est des mutations avec des effets plutôt faibles en fait.

Oui, oui. Oui, j'imagine qu'elles ont dû s'adapter avec le temps, juste… J'imagine les taux

de reproduction qui leur permettent de ne pas grossir trop vite, de ne pas grossir trop lentement, peut-être de synthétiser mieux le glucose

ou je ne sais pas quoi et puis voilà. Ça, c'est intéressant. Ça simplifie un peu la bactérie. Elle travaille beaucoup

plus que ça. Du coup, c'est assez intéressant quand même que petit à petit, en fait, le rythme de l'innovation

diminue vachement. C'est ce que tu dis. Elles se sont adaptées très fortement au début et puis après, ça converge.

C'est-à-dire que les mutations à fort effet, elles sont sélectionnées beaucoup plus tôt. Oui. C'est logique

et après, en fait, ce que tu as, c'est des petites mutations, enfin des mutations qui vont avoir des effets

mais dans un… Beaucoup moindre quelque part. Mais quelque part, bien adaptées, c'est ce qui fait

la différence. Est-ce qu'il y a eu des expés en mode les… Je ne sais pas, les remettre

dans un environnement complètement… Enfin, avec énormément de compétition, d'autres bactéries,

etc. Et de voir à quel point elles se débrouillent dans ce genre de cas qui n'est plus du tout

l'environnement de l'expé contrôlé. Je pense que tu pourrais, mais quelque part, elles ne sont pas du tout faites pour.

Elles ne peuvent pas évoluer seules dans un milieu pauvre. C'est des choses particulières

qui font qu'elles sont spécialisées. Oui, mais justement, ça pourrait être marrant de voir

entre guillemets à quel point est-ce qu'elles se font de plus en plus belosses par

l'environnement auquel elles ne sont pas… C'est devenu les Shiba Inu de… Je vois

ce que tu veux dire. Ou que tu les remets dans un environnement où avant leurs ancêtres étaient pépouses

et d'un seul coup, ça ne marche plus du tout. C'est le genre de truc qui pourrait être fait, mais je ne suis pas sûre que quelqu'un l'ait fait.

OK. Par contre, ce qui est possible, par contre, ce que certains font, je crois,

c'est reprendre… Quand il y a des phénotypes intéressants, c'est éventuellement de les reprendre et de refaire

une évolution à partir de cette souche qui est un phénotype intéressant. Ça, c'est des choses qui sont faites.

Tout à l'heure, on parlait de l'évaluation de la proximité génétique, ce genre de choses, mais on parlait aussi

un peu… Ce qui est assez rigolo parce qu'en expé de vie artificielle, on peut quantifier ce genre de choses.

Un autre truc qu'on quantifie très souvent, c'est la fitness. Vous aussi, vous la quantifiez

et vous la quantifiez comment ? Justement, c'est ce que je disais au début. C'est pour ça qu'il y a ce phénotype

arabinose plus arabinose moins. C'est pour faire ces fameux tests de compétition et c'est comme ça

qu'a évolué la fitness. C'est genre qu'une chose rigolote, on peut évoluer et on peut étudier l'évolution de la fitness

par rapport à l'ancêtre. Puisqu'on a les souches qui sont congelées, on peut faire la fitness aussi au cours du temps.

Ce n'est pas forcément entre souches, entre populations, mais aussi… Entre générations. C'est ça,

entre générations. Très bizarre ça comme concept, mais intéressant. Du coup, vous avez des archives,

vous prenez des sauvegardes régulièrement, vous avez des archives congelées de tout ce qui s'est passé. Je pense que leurs congélateurs

sont très bien entretenus parce que je crois que c'est à peu près leur base de données. C'est comme un lézard contre T-rex quelque part.

Oui, c'est un peu ça. C'est ça qui est rigolo. Du coup, c'est un peu précieux de se dire

cette souche à 35 ans. Oui. Je me demandais un truc très pratique aussi en parlant de toutes ces souches

et que tu dis qu'il y a beaucoup de gens qui sont… On n'est plus du tout sur quelque chose de scientifique,

mais qu'il y a beaucoup de gens qui travaillent dessus. Comment on a accès à ça ? Il faut travailler dans le labo où tous les chercheurs, si par exemple moi,

j'ai une idée, j'ai un peu d'argent, je peux leur proposer un truc, de leur demander une des souches, envoyer un chercheur là-bas pour récupérer les trucs.

Comment ça se passe ? Honnêtement, je pense qu'il suffit de demander. OK. Toi,

comment tu as eu accès à ça ? En fait, j'étais dans un labo qui collaborait. C'était son sujet. C'était un labo d'évolution,

un labo de microbio qui travaillait sur cette expérience en particulier. C'était une collaboration de long terme.

Ça faisait longtemps qu'ils travaillaient sur cette expérience. On avait tous… En fait, du coup,

les gens qui travaillent sur un sujet un peu différent mais sur la même expérience. Mais pas forcément les mêmes populations

qui travaillent sur… Pour le coup, moi, ça c'est la suite de mon sujet. Je suppose

que c'est un article qui est paru récemment avec du coup les résultats à jour de ce dont je vous parle parce que moi,

je vous le dis, ça fait longtemps et depuis, il s'est passé des trucs donc je vous file le lien d'un article à jour

sur les résultats. Comme ça, vous pourrez voir et vous pouvez voir si je dis aussi n'importe quoi parce que mes résultats

ne sont pas à jour. Du coup, là, pour le coup, c'est un article assez complet

sur l'état de l'évolution des taux de mutation dans différentes populations. Je vois tous les arbres phylogénétiques

et je kiffe. Oui, mais c'est parce qu'en fait, c'est justement… L'avantage, c'est que comme on a des souches,

on peut le faire et quelque part, on voit qu'il y a des divergences et des espèces de branches

qui se forment parce qu'avec les génomes, on peut retracer qui descend de qui. Et donc, moi,

c'est celle qui est justement avec un grand R parce qu'elle a beaucoup de mutations. Tout à droite.

Tout à droite, là, oui, OK. R A plus 6. Donc,

c'est la tienne. Moi aussi, je peux parler deux secondes. Celle-là, c'est ça. Et oui,

donc moi, je voulais juste dire par rapport aux recherches que je fais où on travaille sur la culture

et sur comment les êtres humains s'échangent des traits culturels. En fait, cette question,

ça m'a fait penser à chaque fois parce que tu as vraiment cette espèce de recherche de trade off entre générer

des choses nouvelles en sachant que dans ces choses nouvelles, il y aura des choses qui ne sont pas bien. Mais avec ce besoin

d'en générer un maximum quand même parce qu'au final, ça va peut être être bien. Et dans les inventions humaines, c'est aussi un peu le cas,

mais on n'a pas de frigo. Après, est-ce que c'est un avantage sélectif ou pas? On ne sait pas vraiment parce que quelque part,

ça a apparu, tu vois. Mais en fait, c'est un avantage sélectif dans le sens où quelque part,

c'est-à-dire que la population devient permutatrice dans son ensemble. Donc du coup, ça s'est imposé

dans cette évolution-là. Mais quelque part, si ce n'était pas apparu, est-ce que c'était nécessaire? Ce n'est pas forcément, tu vois.

Oui, tu avais à dire que ça s'est reproduit dans plusieurs populations. Oui, oui, oui. C'est difficile effectivement de savoir

si c'est vraiment sélectionné. C'est pareil, c'est reproduit mais à des taux différents parce que les autres populations permutatrices

sont moins... Et donc, c'est pour ça qu'à la fin, dans cette population-là, il y a une génération qui apparaît

dans un autre gène de réparation de l'ADN et ça commence à ralentir. Je reviens aux algorithmes génétiques puisque c'est un des trucs

que je connais le mieux. L'équivalent de ça des supermutateurs, en fait, c'est de passer... En général,

quand tu fais une optimisation avec un algorithme génétique, tu as deux hyperparamètres qui sont très importants qui sont le taux de crossover et le taux de mutation.

Le taux de mutation mutable lui-même, en fait. Et c'est un truc qui est très utilisé dans les problèmes,

dans plusieurs types de problèmes et tu observes régulièrement une augmentation temporaire de la vitesse de mutation,

donc du taux de mutation dans les optimisations pour ensuite converger vers un taux vachement plus bas quand la solution devient

plus facilement trouvable et ça converge vers un taux de mutation assez bas en général. Et du coup,

tu me demandais si c'est quelque chose que tu penses qu'on va peut-être observer. Enfin, je n'en sais rien.

Bien sûr, on n'a pas de boule de cristal mais est-ce que c'est quelque chose peut-être qu'on a commencé à voir ?

Est-ce que les hypermutateurs sont importants à un moment, genre au début de l'évolution

dans l'expérience de Lenski pour après, ensuite, peut-être diminuer leur importance

et revenir vers un taux de mutation plus viable ? Est-ce que ça a du sens ce que je dis ou pas ? Oui,

tu m'entends ou pas ? Tous les coups, il ne m'entend pas et du coup, je suis là je vais écouter

sa question jusqu'à la fin et on verra après. Désolé. Désolé à lui direct. Mais OK,

du coup… Très bien. Je ne sais pas si j'ai interrompu mais… En fait,

c'est juste que j'allais te poser une question du genre qu'est-ce que tu entends par…

Parce qu'en fait, moi, je n'y connais pas grand-chose en évolution in silico et du coup, c'est à toi

de m'expliquer comment ça fonctionne. Je crois que j'en parlais d'algogénétique. D'algogénétique,

exactement. Et du coup, je suis là c'est quoi un algogénétique ? Et je me demande

si tu ne parlais pas de programmation génétique sur l'évolution in silico ou plus du machine learning utilisant l'Evo.

Mais je… Quelle distinction tu fais entre les deux ? Entre évolution in silico et…

Évolution in silico version écosystème virtuel, ce n'était pas en train de résoudre un problème.

Tandis que machine learning version programmation génétique, là, tu as un problème et tu le résous par évolution.

Est-ce qu'on ne pourrait pas dire que c'est la même chose ? Pour moi, la frontière

est assez floue quand même. La frontière est assez floue, je… Mais je ne sais plus

sur quel concept elle t'interrogeait et je… Moi non plus et je me saurais. En regardant le stream,

je suis vraiment désolé. T'inquiète, t'inquiète, c'était juste genre… Tu parlais

d'algogénétique et j'étais là c'est quoi un algogénétique ? Un algogénétique pour moi,

c'est donc programmation évolutionnaire, c'est le truc hyper large où c'est tout ce qui est

inspiré par la science de la sélection naturelle et qui… que tu fais tourner sur un ordinateur

en gros. Algogénétique, c'est ce qui cherche à résoudre un problème généralement.

Programmation génétique, c'est ce qui cherche à résoudre un problème d'une certaine manière et ce qui va être

plutôt évolution in silico, algorithme évolutionniste, ce genre de choses.

Généralement, quand il y a génétique dans le terme, ça veut dire que ça résout

un problème étrangement. Tandis que quand il n'y a pas génétique dans le terme, ça veut plus dire

qu'on est dans de la bio où on essaye d'étudier des phénomènes biologiques. Moi, ce que j'aime bien

comme terme, c'est écosystème virtuel mais ce n'est pas forcément le meilleur terme et c'est vrai

que c'est, comme le disait un peu Simon, c'est assez confus et au final, on n'est pas forcément

sûr nous-mêmes que les explications soient un peu interchangeables. En tout cas, programmation génétique,

c'est vraiment un programme où tu crées un programme à la fin. Généralement,

il y a le terme « évolution » dans le terme, c'est plus de l'évolution in silico.

Et donc, tes questions, c'était est-ce que… C'était plus un monologue

qu'une question, vous l'aurez remarqué. Non mais si, on avait bien compris. Et en plus, l'Applied Challenge

avait commencé à répondre, je pense. Eh bien, je veux bien que tu réponds

parce que du coup, est-ce que tu peux répéter la question du coup, parce que ça fait… Oui,

alors souvent, ce que je disais, c'est qu'avec les algorithmes génétiques, on va dire, ou les « evolutionary

computations » en général, qui est le terme anglophone mais qui regroupe à peu près tout ça,

tu observes quand tu passes le taux de mutation qui est un paramètre, c'est un hyperparamètre de ton algorithme

d'optimisation, en cas d'une optimisation, tu peux le passer en tant que lui-même gène,

si tu veux. Et finalement, ce que tu observes, c'est une augmentation de ce taux de mutation au début

pour ensuite, quand tu te rapproches de la solution optimale d'un problème, par exemple, observer qu'il rediminue

et que tout se restabilise. Et ma question, c'était, dans les expériences de Lenski, on voit l'apparition

des hypermutateurs qui correspondrait en gros au taux de mutation qui devient très large,

très grand d'un coup et est-ce qu'on observe aussi une disparition progressive

de ces hypermutateurs qui, du coup, se corrèleraient très bien avec ce qui se passe dans l'ordi ?

Oui, alors du coup, moi, ce que j'avais commencé à voir, c'était une diminution

du taux de mutation, c'est-à-dire que des mutations apparaissent et ça diminue un tout petit peu, mais ça ne fait pas

un retour au taux de mutation originel. D'une part parce que ce n'est pas forcément simple

et donc, du coup, ça demande aussi un certain facteur chance, etc. D'avoir une mutation

suffisante et là, si j'en crois, si je regarde la figure de l'article que j'ai envoyé

avec des données qui sont actualisées, ça continue à évoluer, en fait. Donc, quelque part,

si tu veux, visiblement, le problème n'est pas encore entièrement résolu puisqu'il y a encore

des mutations qui s'accumulent ou alors, ça ne paraît pas délétère, disons, de continuer

à accumuler des mutations. Donc, oui, c'est quelque chose que tu peux constater,

que le taux de mutation n'a pas encore résolu. C'est là où l'analogie se casse un peu la figure

parce qu'en bio, ça ne marche pas. Enfin, il n'y a pas de problème à résoudre. Oui,

c'est ça. Il y en a un. Au tout début, peut-être l'adaptation au milieu. Oui,

au tout début. Au début, tu peux te dire on va s'adapter au milieu et très bien,

au bout d'un moment, ça sera adapté au milieu mais visiblement, ça continue à évoluer. Ceci dit, au niveau

des écosystèmes virtuels, est-ce que c'est possible que ça a convergé ? Ça fait un parallèle avec…

Oui, il y a très clairement le même problème. Sinon, vite fait, je réagis un peu

au chat. Star Trek, Rémi qui disait les écosystèmes virtuels, c'est un nom qui vend grave du rêve,

je suis d'accord. Et sinon, Alex qui bosse sur des méthodes évolutionnistes pour le machine learning

qui disait que si on s'intéresse un peu à des questions théoriques sur ces algos qui résolvent

des questions proches de ceux qui s'intéressent à l'évolution d'un point de vue plus biologique comme on fait

avec, disons, notre branche de vie artificielle, même si ça inclut un peu les deux,

sachant qu'Andy bosse entre autres sur des algos de novelty search, ce qui est assez… Je ne sais pas

si on en a déjà parlé en vie artificielle dans le podcast, il faudrait qu'on en parle un jour.

C'est assez rigolo dans la mesure où c'est des algos qui cherchent à résoudre des problèmes mais qui ne vont pas utiliser

dans le monde fitness un score qui cherche à sélectionner des individus qui résolvent

le plus efficacement possible le problème en question, mais des individus le plus divergents

possible les uns des autres. Et étrangement, ça va être une bonne méthode pour maintenir

une certaine diversité génétique et au final, résoudre assez efficacement et assez rapidement

le problème. Je trouve que c'est une utilisation un peu su des principes de la sélection

naturelle ou pas pour résoudre des problèmes. Après, il y a quand même quelques petits bémols

à mettre sur l'idée que ça résout mieux les problèmes, ça résout mieux certains types de problèmes et ça aide

à apporter une diversité mais en général, il faut coupler ça à des techniques de qualité-diversité parce que juste novelty,

en général, tu ne résous pas tous les types de problèmes. Je pense que tu as tout à fait raison et je crois d'ailleurs

qu'Alex Buss c'est plus de la quality search je crois que de la novelty search si je ne dis pas

de bêtises. Novelty ? On cherche du Nobel, du prix Nobel. Mais oui, c'est ce que

Andy Fourbe dit que sous le capot, il y a quand même un objectif qui est optimisé. Et oui,

il dit qu'il est d'accord avec ce que j'en viens de dire et ce que j'avais mal résumé. Mais c'est vrai

qu'originellement, d'ailleurs, enfin, je ne sais pas si on peut parler de ça vraiment,

c'est intéressant mais je crois que c'était dans un des premiers exemples de novelty search. Il me semble

que c'était l'objectif, c'était de trouver la sortie d'un labyrinthe pour une espèce

de petit robot. Du coup, en fait, le critère de nouveauté, enfin de novelty, donc de distance phénotypique

entre deux individus, c'était de regarder où est-ce qu'il s'arrêtait dans le labyrinthe en fait. Et il disait

bah oui, en fait, quand on fait une recherche de novelty, c'est-à-dire quand plutôt

que de dire la sortie, l'objectif, c'est juste d'essayer d'être partout dans le labyrinthe,

on finit par trouver la sortie. Alors, bien sûr, ce n'est pas aussi malhonnête dans le papier

mais dans ce cas très précis, il se trouve que le critère que tu cherches à optimiser

est très proche du critère que tu cherches à maximiser en distance de novelty.

Mais dans beaucoup de cas, ce n'est pas vraiment le cas. C'est pour ça qu'il faut coupler un autre objectif

sous-jacent. Je pense que c'était assez clair et ça me faisait aussi un petit peu penser, mais en fait,

je pense que je nous éloigne du sujet. Ces histoires de labyrinthes me faisaient penser

à des critiques qui ont été faites récemment pour le coup à la notion d'open-ended

evolution avec quelqu'un qui essayait de démontrer un petit peu par l'absurde

que cette notion n'était pas si intéressante que ça en expliquant qu'il avait

cette notion de labyrinthe et qu'il avait sa petite simulation qui était

hyper simple ou pareil, tu avais quelqu'un qui se baladait dans son labyrinthe. La sélection

se faisait sur quelque chose qui ressemblait au final pas mal à de la novelty search

dans la mesure où les individus qui étaient sélectionnés étaient ceux qui faisaient la balade

la plus divergente des autres donc qui se croisaient le moins souvent avec les autres et ils n'étaient pas

limités à ce qu'il y avait de la complexité augmentée sans arrêt généralement quand on parle

d'open-ended evolution les critères c'est la complexité et la nouveauté donc la complexité augmentée sans arrêt

dans la mesure où tu avais des chemins de plus en plus long bien sûr la novelty

arrivait sans arrêt vu qu'à partir du moment où les chemins étaient de plus en plus long ils allaient

de plus en plus loin ils s'éloignaient les uns des autres mais en même temps la question derrière était ok

c'était un peu bon il y aurait des choses à dire à sa critique et des réponses

à rajouter à sa réponse parce que je pense que c'est intéressant mais ce n'est pas

nécessairement aussi intéressant que la manière dont il le présente mais voilà je veux bien

tu peux mettre le lien quelque part je t'enverrai le lien peut-être en privé parce que sinon

je vais galérer mais j'avais envie on s'éloigne beaucoup des bactéries on va revenir sur le sujet

de toute façon donc je pense qu'on aura l'occasion d'en reparler plus en détail j'en avais déjà parlé

un peu avec Simon il y a 6-7 mois je crois voilà ça reste 6-7 ans déjà

je vois qu'Alex a plein plein de réactions sur le chat

ça rejoint ce que tu racontais David et que la question de savoir

la nouvelle t-shirt est-ce que en soit c'est mieux ou pas effectivement ça marche

quand même bien mais on est loin du sujet du sujet pardon vu que notre idée

quand même c'était des bactéries qui ont comme seul problème c'est de bouffer du sucre dans une petite solution aqueuse

mais d'ailleurs ça pourrait être aussi une question est-ce que d'une certaine façon ces mutations elles sont

de quelle manière elles sont aléatoires est-ce qu'elles sont très variées ou est-ce qu'au final il n'y a que certains endroits

qui mutent ou est-ce que ça est-ce qu'on pourrait trouver une espèce de notion différente que d'autres tu veux dire dans le génome

est-ce qu'il y a des endroits qui sont plus ciblés que d'autres ou peut-être que des fois en fait il y a une souche

qui va muter rapidement mais elle va muter plus ou moins toujours les mêmes endroits alors qu'une autre

tout le génome va muter tout le temps sans n'importe où ou quoi je ne sais pas

c'est quelque chose qu'on avait commencé à regarder visiblement il y a des biais les gènes de mutation

enfin tout ce qui est système de réparation un type de mutation particulier ok par exemple

il y en a qui vont qui vont réparer je ne sais pas moi un appareillement tel je ne sais pas moi

G avec C enfin G avec A par exemple et du coup ça c'est genre

un truc qui va être parti enfin c'est disons que

chaque système il spécialise dans un truc et donc si tu enlèves ce système forcément tu auras un type de mutation

qui va apparaître c'est vraiment c'est très orienté voilà il y a des gènes qui empêchent une mutation

AT vers CG et ça c'est un truc qui est un seul gène est responsable de ça et donc c'est très directionnel

on va dire ouais ok du coup après tes mutations elles vont un peu toutes se ressembler d'une certaine façon quoi

ouais c'est ça donc elles se ressemblent toutes après la question qu'on peut éventuellement se poser c'est est-ce qu'il y a

des endroits particulièrement ciblés dans le génome ou pas sachant que ça peut être des appareillements donc des problèmes

lorsque l'ADN est reproduit ça peut être aussi une dégradation chimique et du coup tu peux demander

est-ce que l'environnement et les bases environnantes ont un effet ou pas sur ce taux de mutation ça fait partie des questions

qu'on peut se poser mais ça a priori dans l'expérience de Lenski ça devrait pas enfin je sais pas je m'imagine

c'est assez contrôlé ça devrait pas trop changer j'imagine en fait faut quand même pas sous-estimer le fait que les mutations

apparaissent aléatoirement ouais et du coup et aussi il y a pas mal de mutations qui ont pas ou peu d'effet

sur ces mutations tu sais pas lesquelles tu peux avoir un signal là-dessus et surtout il y en a tellement grand nombre que quelque part

tu peux avoir un signal quelque part dans tous les cas j'espère que je redis pas un truc dont on a déjà parlé tout à l'heure

mais le niveau effet de l'environnement sur le taux de mutation j'imaginais des trucs donc l'idée c'est j'imagine qu'avec

un environnement très variable il devrait y avoir plus de mutations qu'avec un environnement très stable

est-ce qu'il y a des trucs en mode faire varier travailler rapidement le taux de sucre

ce genre de choses et voir ce que ça donne directement ou pas ou ben avoir un environnement changeant

c'est sûr que tu vas faire tu vas favoriser quelque part tu t'adaptes plus vite si tu mutes plus vite donc

ça paraît très logique de voir des hypermutateurs apparaître dans ce genre de situation par contre ce qui est étonnant

c'est d'en voir apparaître alors que la situation est relativement stable c'est plutôt ça d'accord juste en relisant mes notes

du coup si jamais les éléments mobiles qu'on étudie beaucoup insertion segment

et c'est ça qu'on étudie surtout ok et c'est des éléments mobiles qui peuvent visiblement

quelquefois transporter d'autres gènes avec eux quand ils se déplacent parce que parce qu'il y en a beaucoup en fait

dans le génome et eux ils codent pour quelque chose ou ils codent juste pour le fait qu'ils vont se déplacer

ou alors insertion sequence ça je crois qu'il y a quand même une enzyme qui est avec

qui permet le fait que ça se transpose ok qu'il va se retrouver dans toute la bactérie donc ouais

donc on peut un petit peu reparler de material and methods on a un petit peu parlé

de l'aspect vulgarisation scientifique etc mais tu peux peut-être aussi un petit peu pitcher l'histoire

en quelques mots de material and methods enfin présenter les personnages par exemple

l'histoire c'est l'histoire de de Seto un étudiant un peu perdu

qui arrive en stage dans un laboratoire de recherche il découvre un peu parce que quand on débute on découvre toujours

le labo il va faire du coup la rencontre de ses nouveaux collègues et notamment

Klaes qui est une docteure un peu névrosée et d'autres d'autres permanents

qui sont plutôt sympas et petit à petit on va apprendre avec lui d'une part à faire des expériences et d'autre part

comment ça se passe dans un labo que c'est pas juste faire des expériences mais que derrière

il faut aussi trouver du matériel etc. Excellent En sujet complètement complètement annexe

moi et ma manière de très mal prononcer les mots juste d'avoir entendu le prononcer je prononçais

Klae pas Klaes mais je pensais Klae dans ma dans ma tête

je crois d'ailleurs que Klae est pas mal plus populaire dans les dans les

dans les récursions J'en ai dit que les les docteurs en névrosé sont plus populaires

en fait J'ai une petite question en tant que profane vraiment j'aime beaucoup mais j'avoue

que je suis pas ultra assidu dans ma lecture de manga tu définis ça comme un manga

tranche de vie ça veut dire quoi exactement enfin c'est je pense que je comprends le terme mais

en vrai ça se définit ça concerne pas juste le manga le genre tranche de vie ça peut être aussi

une série par exemple le tranche de vie c'est quand tu suis juste le quotidien de quelqu'un en fait c'est

où tu suis le quotidien de quelqu'un sans que ça soit hyper marquant ou quoi

mais du coup ça te donne un aperçu plutôt réaliste c'est bien ce qui me semble

mais je trouve que c'est bien vraiment bien retranscrit la vie du stagiaire et juste la vie d'un labo

en général quoi c'est on a eu quelques stagiaires et du coup ça m'a permis

de mettre un peu à leur place ouais c'est un bel exercice d'empathie aussi tu as fait

j'imagine un stage de recherche dans un labo avant de te lancer dans ta thèse j'en ai fait plusieurs

j'en ai fait un cours en licence et j'en ai fait un long quand je suis partie aux Etats-Unis et donc c'est deux expériences

très différentes il y en a un c'est on découvre le monde de la recherche oh la la c'est rigolo on fait quelques expériences

pendant quelques semaines et voilà alors qu'un an de recherche c'est un peu plus proche du coup de ce qui se passe dans le manga

où finalement on s'investit beaucoup dans notre recherche et on finit par s'attacher à ce qu'on fait quelque part

c'est plus juste du stade de la découverte quelque part là on y est vraiment on met les mains dans le cambouis

et on s'investit on y passe les week-ends s'il faut il faut que ça marche c'est tôt clairement je l'imagine

venir tous les jours au labo et tout et tout à temps plein alors que pour le coup

bon moi j'ai découvert la recherche de manière un peu j'ai fait une école d'ingé qui n'était pas

qui ne se destinait pas à me former à la recherche et à la recherche que j'ai fait

en master d'histoire et philosophie des sciences il était très très cool mais j'étais pas j'étais à l'institut des systèmes complexes

mais j'étais pas du tout H24 là-bas j'avais des on avait des cours en parallèle

etc donc c'était pas ça se rapprochait peut-être plus par certains côtés de tes premières expériences

de stage que de ta première expérience de stage que de de l'expérience

que vit Seto dans le manga qui est de personnes qui se

qui se destinent qui se destinent à la recherche en vrai les stages labo ça ressemble pas mal à ça

enfin même si ça dure que quelques semaines quelque part tu débarques dans un labo et tu découvres et

et puis au bout d'une semaine on te confie des manifs obligé obligatoirement tu finis par manipé

un peu tout seul quoi sous la surveillance de quelqu'un évidemment mais ouais en bio

pour le coup ce qui est extrêmement un faux notion de manip est un petit peu

un petit peu différent ah oui oui en sciences expérimentales oui après je pense que c'est toujours

il y a quand même une certaine similarité et puis au final dans l'histoire du labo bon les expériences

oui c'est une partie importante après enfin moi je me souviens stage on te fait lancer une expérience sur un

sur un cluster partagé par des chercheurs t'as la pression quand même t'es là tu lances ton code après on t'envoie un mail

on fait oh user machin truc là tu vois pas que tu fais n'importe quoi t'as fait planter les machines de dix personnes

oups mais je pense que je pense que tu l'as eu plus que moi après je pense que le plus important surtout

c'est que enfin là où c'est un peu pareil c'est l'ambiance c'est le les relations de hiérarchie

de tous ces trucs là qui qui sont à peu près les mêmes partout cette idée de

ah il faut publier ce genre de truc là que toi t'es la petite stagiaire t'entends des gens parler dans un autre langage

déjà ce genre de choses t'es un stagiaire peu importe je pense la discipline que tu fais ouais

je pense que c'est l'eau commune de tous les tous les labos quoi ouais mais je pense que c'est surtout

c'était très moi ce que ce que je disais jusque perso je l'ai découvert très tard

le fonctionnement d'un labo le fait de publier tout ça tout ça je voilà

si tu avais eu matériel et méthode tu aurais pu te préparer on devrait le donner à tous les stagiaires

de master c'est c'est préparer psychologiquement voilà ce genre de choses mais c'est vraiment précieux

en fait de savoir de savoir comment ça marche enfin moi j'étais vraiment perdu

dans le monde de la recherche quand j'ai quand j'ai commencé bon en plus j'ai un peu

j'ai découvert ça en master d'histoire et philosophie des sciences avec avec Simon mais

le mon école d'ingé m'avait pas du tout préparé à ça je pense pas qu'il y a d'école

qui te prépare vraiment à ça t'as pas de de communication parce que moi j'ai jamais été préparé non plus et en plus c'est marrant

parce qu'un peu il y a ce côté ouais on imagine avant de dire tu imagines les chercheurs

dans leur tour d'ivoire en train de faire leurs expériences quand t'arrive il y a un effet un peu de ça voilà on est là

comme dans le manga tu dis que tu commences à t'attacher au labo et qu'après bah t'en sors plus

parce que bah tu veux que ça avance ce qui fait qu'au final tu te retrouves isolé dans ta tour d'ivoire qui est généralement

Tu te retrouves isolé là-bas dedans, mais ce n'est pas exactement ça. Donc, il y a du vrai, il y a du pas vrai. Moi aussi, je n'avais jamais imaginé comme ça a été quand j'ai découvert ce que c'était d'être assis au labo. Ce qui est assez cool aussi, c'est de découvrir le point de vue de plusieurs strates hiérarchiques, ou plusieurs points de vue que tu présentes pas mal. Tu as le stagiaire, tes arts, mais tu as aussi des post-docs dans ton labo.

Et tu expliques un petit peu la hiérarchie. Enfin, la hiérarchie n'est pas forcément le bon terme. Que leurs rôles soient assez différents, etc. Et ça aussi, c'est un peu particulier quand tu... L'écosystème. L'écosystème d'un labo.

Quand tu débarques, c'est important de le savoir. Et puis, cette ambiance un peu bizarre où les gens se succèdent. Et donc, du coup, c'est très particulier ça aussi. Oui, oui, oui. Les gens partent, les gens arrivent. Et il y a une espèce de legacy aussi.

Tu dis à un tel, tu en as entendu parler, il a fait ça. Un jour, il est parti. Et puis après, il y a quelqu'un d'autre qui a repris. J'avoue que c'est bizarre. La notion de réputation aussi. Enfin, le clé, un souci là-dessus dans le manga.

C'est une scène qu'on peut tout à fait imaginer. Malheureusement. Disons que, quelque part, ce qui est important de... En fait, l'idée que je voulais faire passer dans le manga, c'est que... Les gens qui sont derrière la science, c'est juste des êtres humains.

Et que, quelque part, on imagine les scientifiques comme ça, dans leur labo, à faire des trucs fous et tout. Mais en fait, c'est juste des humains comme les autres. Et en fait, il se passe des trucs comme dans tout autre groupe social. Il va se passer des trucs. Et quelquefois, la science, elle est influencée par ça.

En même temps, on n'est que des humains. Après, il y a quand même ce truc un peu... Enfin, j'imagine que ça se retrouve dans plein d'autres endroits. Mais comme ça, c'est surtout la science. Il y a ce truc où... Des fois, il faut essayer de ne pas le montrer que t'es humain.

Sans être, justement, compétitif, intelligent. Et ne penser qu'à la science. Et des fois, t'as l'impression qu'on oublie un peu que... Ouais, des fois, il y a des matins avec, des matins sans. Et peut-être qu'on peut se tromper. Et c'est ça aussi qu'on apprend, justement, quand on est au labo.

Que, en fait, ah bah oui, en fait, la personne... Ce chercheur-là, il a peut-être... Il écrit des articles, mais le soir, il rentre chez lui. Et puis, il se fait son petit dîner. Et puis, voilà. D'ailleurs, ça, je trouve que c'est...

Même, on regarde un peu plus largement et globalement. C'est un problème qu'il y a même de communication. Genre, parfois, les gens prennent la production des scientifiques. Donc, la science. Comme, genre, quelque chose de parfaitement pur. Et qui est libre de tout biais humain.

Et de toute idée politique, même. Oui. Et je pense que c'est assez important de savoir que... Non, non seulement, en fait, la science. La science, c'est juste une méthodologie, quoi. Et la production...

La production des humains qu'il y a derrière, elle est soumise à plein d'erreurs potentielles, plein de failles, plein de failles humaines, en fait. Retranscrire aussi qu'on a des contraintes, quelque part. Quand on fait la recherche, on n'est pas non plus 100% libre du sujet qu'on choisit ou des thématiques qu'on va aborder.

Oui, bien sûr. Juste faire réaliser ça, c'est aussi quelque chose d'important, quoi. Et là, derrière, il y a souvent, en plus, des questions politiques, en fait. Puisque ce qui est financé, c'est ce qui est tendance. Oui, c'est ça. Et la popularité des sujets, les retombées à court terme,

ce genre de choses, c'est aussi ça. C'est vrai que je suis vraiment, à titre personnel, très content dès qu'on essaye de rattacher la science aux humains qu'il y a derrière et qu'on n'arrête... Enfin, qu'on n'idéalise pas au point d'oublier que... Ben oui, non, c'est vraiment des humains qui font les choses,

avec des choix politiques, avec des décisions sur pourquoi on fait ce sujet plutôt qu'un autre et pourquoi un tel va être peut-être plus à même de défendre son papier par égo, peut-être, même si... On ne sait pas ce qu'il faut, enfin... Voilà.

Donc du coup, c'est juste, à titre personnel, j'aime beaucoup quand il y a des œuvres comme ça qui rattachent l'humain à la science. Ça manque pas mal. Globalement, quand on dépeint la science, c'est genre « Ah, les scientifiques, avec sa bluse blanche,

il va résoudre cette énigme, et tout. » Et en fait, c'est pas du tout ça. Tout à fait d'accord. Ça manque. Déjà, le nombre de fois où, quand t'es en thèse et tu te lèves le matin et tu te dis

« Mais pourquoi je travaille sur ce sujet, déjà ? » C'est super. Ah ben, ouais. Le doute. Permanent, ouais. Enfin, le self-doubt, plutôt.

Ou le moment où tu te dis « Ouais, mais en fait, il est nul, mon sujet. » Oui. La dépression du doctorant, qui est quelque chose que, malheureusement, beaucoup de personnes ont vécu.

Tristement. Sur un tout autre sujet, un des premiers trucs qui m'a marqué dans ton manga, c'est aussi... ton style graphique, que je trouve très...

Enfin, purement japonais. Je sais pas si c'était une volonté de ta part. Moi, j'avais en tête... J'avoue que je connais... Je connais pas beaucoup d'autres... Enfin, j'ai pas lu beaucoup d'autres mangas

dessinés par des Français. Mais j'avais en tête de... Quand... J'en avais vu quelques-uns il y a sans doute 20 ans, où le style était assez particulier.

Enfin, ça se repérait assez vite. Tandis que là, je regarde ton style et pour moi, je suis incapable de repérer que ça n'a pas été dessiné

par quelqu'un de japonais. Je sais pas si c'est une volonté ou pas du tout. C'est peut-être parce que j'ai pas beaucoup de culture de BD franco-belge. Je pense que ça a beaucoup joué aussi.

Je me demande si c'est pas aussi le tramage qui joue pas mal. J'ai l'impression... J'ai l'impression qu'il y a un travail au niveau du tramage qui est... J'allais dire typiquement japonais.

Pas là ! C'est des trucs beaucoup trop techniques. Avec Jean, on est perdus. Non, mais en vrai, je pense que c'est ni l'un ni l'autre. C'est juste...

Je pense que je suis juste beaucoup emprunt de cette culture manga, beaucoup plus que de la culture BD. Même si j'en lis. Mais j'ai commencé la BD beaucoup, beaucoup, beaucoup plus tard.

Du coup, mon style est très manga parce que c'est ce que j'ai beaucoup lu. En fait, c'est plus... À mon avis, c'est pas juste le tramage, c'est la dynamique. C'est la dynamique des plans

qui doit être bien particulière. OK. Et justement, du coup, en termes de manga, tes inspirations, peut-être...

Au niveau thématique, j'ai pas en tête qu'il y ait tant de choses que ça japonais non plus qui se rapprochent de ce que tu fais. Mais...

Mais peut-être plus niveau style ou juste que tu aimes. Niveau... Alors... Il n'y a pas beaucoup de manga sur la science en elle-même.

Même si, en ce moment, il y a Dr. Stone qui est très rigolo. Mais pour le coup, c'est plus un manga d'aventure où il y a beaucoup, beaucoup de science.

Mais c'est pas vraiment... C'est pas de la science... C'est... Bah si, il y a un peu de vulgaire, il y a un peu d'histoire des sciences. Ouais, ouais, c'est rigolo

parce que l'histoire, c'est que... En gros, il y a un cataclysme qui touche la Terre et tout le monde est transformé en pierre. Et certains se réveillent au bout de 10 000 ans.

Et donc, ils se retrouvent un peu retour à l'âge de pierre. Mais ils ont leur connaissance avant leur entrée en sommeil. Et donc, ils peuvent essayer de retrouver la technologie

en essayant de bricoler avec ce qu'ils ont. Donc, c'est rigolo parce qu'il y a des trucs. Par contre, ça... Tu te dis, en vrai,

dans la vraie vie, ça marche pas ou il faudrait des conditions pas particulières. Mais bon, ça permet quand même d'avoir des notions de physique, de chimie qui sont rigolotes.

Plus ce setting très Robinson Crusoe qui marche extrêmement bien sur moi. Disons que c'est très héroïque. C'est un manga d'aventure. Donc, il y a un petit côté héroïque, un peu épique.

Mais en sciences de tranches de vie comme ça, il n'y en a pas beaucoup. Par contre, il y a beaucoup de mangas de tranches de vie. Ça, c'est un truc... C'est pour ça que c'est un genre

plutôt bien représenté. Il y a de tout. Il y a du tranches de vie sur n'importe quoi. Mais ceux qui m'ont le plus marqué, c'est Silver Spoon

de Hiromu Arakawa qui est l'auteur de Fullmetal Alchemist. Et c'est un manga sur le quotidien d'un étudiant

en école d'agriculture. Et ça peut bien être de décorer l'agriculture. C'est trop rigolo. Et il y en a un autre très connu

qui s'appelle Bakuman qui est par les auteurs de Death Note et qui décrit, en gros... Pour le coup, c'est un peu plus

aventure épique. Mais ça décrit pas mal le quotidien d'un auteur de manga. Donc, comment est-ce qu'on devient

un auteur de manga au Japon ? Sinon, il y a des mangas sur le camping qui sont très bien. L'école d'agriculture et les campings.

Pourquoi pas ? Oui, c'est pour ça que je dis qu'il y a des sujets très variés. En gros, vous pouvez trouver

des mangas sur n'importe quel sujet. Il y en a sur la danse, la musique, tout ce que vous voulez. Il y a même la pêche.

Le manga par l'auteur de Death Note, c'était quoi déjà ? Je n'ai pas eu le temps de chercher. Ah, c'est Bakuman

avec un K. Et c'est pareil. Pour le coup, c'est plus du shonen manga mais ça permet de découvrir

comment ça fonctionne dans un autre cellier de manga et c'est rigolo. Oui, j'ai déjà vu passer les couvertures.

Je ne l'ai pas lu. Mais c'était bien cool. Moi, j'ai beaucoup apprécié ce qu'il y avait. Ça faisait plaisir d'avoir des biologistes

et des mangas aussi. Des vrais. Des artistes aussi. Désolée de ne pas avoir mes connaissances tout à fait à jour.

Il faudrait que je me remette un peu au... C'était largement assez de shonen. Beaucoup plus que nous. Bien plus.

Mais je laisserai des références pour que tu puisses les mettre dans la description pour que les données

soient à jour et correctes contrairement à ce que j'ai... Des fois, je pense que j'ai dit un peu n'importe quoi.

Mais OK pour les références. Donc, n'oubliez pas de lire la description. N'oubliez pas non plus donc d'aller rechercher Material and Methods

sur Material... Tiens, d'ailleurs, oui. Tu dis Material et Methods ou tu dis Material and Methods en vrai ?

C'est une excellente question. Je ne sais pas. OK. Pourtant, j'ai dû t'entendre le dire plusieurs fois,

mais je... Moi, je crois que je l'appelle Material and Methods. C'est un peu la même méthode.

OK. Mais pourtant, c'est écrit Methods, quoi. Oui, c'est ça. Mais en fait,

c'est juste par... En vrai, appelez-le Material and Methods comme c'est marqué dessus et comme c'est marqué

dans les articles scientifiques parce que c'est de là que ça vient. Le Material and Methods étant une partie disons

d'un article scientifique de science expérimentale. En science expérimentale. Exactement. En science expérimentale.

Pardon, je n'ai pas l'habitude de cette précision, mais oui, je ne sais pas comment ça se présente

en fait. Pourquoi ? Mais moi, c'est pareil. Vous n'avez pas de Material and Methods,

vous ? C'est plus... L'algorithme et tout ça. Il y a un annexe avec le code, c'est ça ?

En général, oui, tu as 20 pages d'annexe. Tu décris, mais je n'ai pas... Alors si,

en fait, parce que les articles que tu écris en collaboration avec des biologistes, il y a souvent

une partie de Material and Methods, mais quand c'est vraiment du pur théorique, ça ne s'appelle pas comme ça vraiment.

Il y a un équivalent. Implémentation en général ? Oui, méthode, comme dit Andy Fourne. Le modèle.

Ah oui, méthode. Oui, parce qu'il n'y a pas forcément de matériel, effectivement.

Voilà. Un gros ordinateur, tout plein de corps, éventuellement. On peut te suivre aussi sur Twitter

en cherchant at pelici, P-E-L-I-C-H-I. Je crois qu'on peut aussi te suivre sur Instagram

pour voir tes vidéos et tes dessins sur Instagram. Même si je crois que tu les postes

plus vite sur Twitter, non ? Oui, Twitter est plus à jour, mais Instagram sert de galerie

à plus long terme. du coup, c'est plus facile de retrouver mes dessins sur Instagram. Par contre,

si vous voulez les voir tout de suite, il faut aller sur Twitter. Voilà, je vois qu'Andy nous dit

des fois on parle du matériel parce que c'est pertinent, genre la métip a pu avoir lieu parce qu'on a tel

supercalculateur ou quoi, mais c'est rarement le cœur du sujet dans notre domaine. Alors que nous,

ça peut être un peu l'élément décisif parfois. C'est aussi peut-être

bêtement parce que souvent, en bio, on a l'habitude de dire que

le matériel est hyper coûteux en fait, mettre en place l'expérience, tandis qu'en informatique,

en vrai, c'est plus le coût payer les salaires, mais le matos d'un ordinateur...

En fait, tu peux avoir du matos en informatique, genre les trucs style si tu regardes

les publications style GPT-3 ou des trucs comme ça de OpenAI, c'est des millions

qui dépensent en calcul. Oui, c'est vrai. En fait, ce n'est pas

une question financière, c'est une question expérimentale. C'est-à-dire que quelquefois, certaines marques,

ça marche et d'autres marques, ça ne marche pas. Ça peut être une question de pureté du produit

ou des choses comme ça et des trucs très bêtes. Mais du coup, certaines expériences

ne sont pas reproductibles parce qu'on n'a pas repris le bon, c'est la bonne version, de tel ou tel réactif

parce que ce n'était pas tout à fait la bonne pureté ou parce que ce n'était pas fait exactement pareil. Et c'est pour ça qu'on met tout,

on met les marques, on met le matos qu'on utilise parce qu'en fait, pour reproduire

une expérience, c'est souvent qu'on n'arrive pas à reproduire l'expérience des autres, c'est un vrai problème.

Mais c'est aussi parce que souvent, ça vient du matériel. Ça peut être tout bêtement l'eau du robinet

ou l'eau qu'on utilise pour faire une culture ou pour faire une PCR ou quoi que ce soit. Quelquefois,

c'est juste ça qui fait capoter une manip. Il y a pas mal de littérature là-dessus. D'ailleurs,

il y a un bouquin dont j'oublie systématiquement le nom qui faisait le parallèle justement très intéressant entre d'un côté

des expé de sciences expérimentales, là c'était plutôt des expé de physique et de l'autre côté des expé pseudo-scientifiques.

Donc, tu avais d'un côté un mec qui essayait de faire marcher un laser

et de l'autre côté un mec qui essayait de mettre de la musique classique pour que,

pour communiquer avec ses plantes ou un truc du genre en utilisant des sondes particulières et des gens

qui essayaient de reproduire l'expérience d'un côté pour montrer plutôt que ça marchait pas et de l'autre côté

pour essayer de la refaire. Et au final, les réponses en termes d'interaction entre la personne

qui répliquait l'expérience et la personne qui avait fait l'expérience initiale étaient étrangement similaires

entre le truc pseudo-scientifique et le truc réel où dans les deux cas dans un cas c'était

oui, attention mais t'as pas exactement branché le laser de la bébé ailleurs bien évidemment on n'utilise pas

cette lentille oui, on utilise telle autre ah oui, tu te retrouves face à ce problème-là oui, nous aussi

en effet on l'a résolu en mettant je ne sais quel composant dans l'autre sens et de l'autre côté

dans le cadre du truc pseudo-scientifique c'était des réponses de type ah oui, mais tu utilises

de l'argent l'argent c'est pas un métal sacré il faut utiliser de l'or ce genre de truc

et t'avais aussi un petit peu les mêmes réponses bon, au bout d'un moment il y avait un truc qui marchait

et un truc qui marchait pas mais c'était assez intéressant le biais expérimental c'est un truc enfin

c'est un truc on pourrait en parler désert en vrai c'est clair je pense qu'on peut qu'on peut reprendre

la conclusion après cette merci merci Andy Fourbe pour dire à la biologie

vous êtes des héros ou héros et une salut à tous mes amis biologistes qui sont toujours

en galère dans leur manip Andy Fourbe précise aussi que l'exemple que vous donnez de GPT-3

c'est l'exception plus que la norme et que ça pose d'autres problèmes déontologiques d'écart entre

la recherche publique et la recherche privée et en vrai aussi le niveau dispositif expérimental moi

bon là je bosse en fait avec des biologistes en ce moment mais pas sur

de la vie artificielle et ouais on s'est retrouvé exactement dans le cadre que tu décris

aussi avec une manip où les trucs n'étaient pas tout à fait fait de la même manière

que précédemment et au début on s'en est pas rendu compte et trouver ce qui n'avait pas été fait de la même manière

a mis longtemps c'était compliqué de se rendre compte parce que tout ne peut pas être noté

en fait c'est de la science en soi de découvrir la petite modification

qui a eu un impact important bref ça et le savoir-faire expérimental

ouais et le savoir-faire expérimental on rebondit sur quelque chose que tu disais

tout à l'heure savoir-faire expérimental qui se perd avec le renouvellement des doctorants

et des post-docs exactement tout à fait c'est au point où dans certains labos quand certains techniciens

partent quelque part ils partent avec la technique ouais du coup

Pellicci on peut te retrouver sur Twitter ou sur

Instagram en cherchant Pellicci on peut aussi te retrouver sur Twitch où

tu fais des lives tous les mardis et tous les jeudis qui sont des lives où tu fais quoi

généralement alors le mardi c'est souvent dessin et le jeudi

je reçois souvent des gens soit des artistes soit des légalisateurs scientifiques c'est l'occasion

d'échanger du coup soit sur le monde artistique soit sur le monde scientifique

mais là cette semaine c'est un peu exceptionnel mardi on va jouer et jeudi

on va parler dessin voilà je sais pas si j'ai zappé quelque chose que tu voulais

préciser on peut aussi acheter ton manga à l'unité aussi et je crois

que c'est chez J.P.R.Joseph ouais chez J.P.R.Joseph ou alors directement

sur mon site internet shop.pellicci.fr voilà j'ai zappé quelque chose je ne pense pas

je ne crois pas merci beaucoup de l'avoir reçu Simon on peut te suivre sur Twitter

Simon Carignan mais je n'y fais rien donc ne me suivez pas allez plutôt suivre ce que Pellicci fait

c'est bien et Jean je ne sais pas si on peut te suivre quelque part toujours

toujours rien dans la rue si vous savez où j'habite mais sinon franchement

j'aime bien comme tu invites les gens à te suivre dans la rue c'est un peu

c'est un peu bizarre ok ok non peut-être pas mais

un jour ma chaîne Youtube marchera et sera en ligne un jour

rétrospectivement peut-être que tu pourras mettre le lien là-dessus je vais couper le stream

et je vais dire un gros merci à tous ceux qui nous ont suivis ben voilà c'est terminé

j'espère que ça vous a plu si c'est le cas n'hésitez pas à vous abonner à Vie Artificielle vu que Vie Artificielle

c'est aussi un podcast audio vous cherchez ça sur Youtube non pas sur Youtube justement

sur votre moteur de podcast favori et Vie Artificielle normalement il n'y en a pas 50

pour rappel toujours maintenant je suis assez présent sur Twitch je fais des choses

des revues de presse tantôt scientifique avec Simon tantôt politique mais pas que un peu plus généraliste

avec Adrien que vous avez vu sur cette chaîne ça a lieu le mercredi à 21h n'hésitez pas à passer

toujours à ce niveau-là je vous l'avais déjà annoncé mais ça ne fait pas de mal d'en reparler

le contenu un peu plus politique qui avait de temps en temps sur cette chaîne genre le retour

sur l'affaire Sarkozy-Kadhafi ce genre de choses c'est maintenant sur une nouvelle chaîne qui s'appelle

Perspectives Croisées où je suis essentiellement présent avec Adrien n'hésitez pas à aller jeter un oeil il y a pas mal de contenu

on y rediffuse des rediff de live très très régulièrement voilà donc Perspectives Croisées et c'est à peu près tout

et puis il y a aussi des choses comme revenir sur des anciennes vidéos comme je vais le faire le lundi 21 juin

sur un sujet qui sera choix choisi par les gens qui sont en train

de voter sur Twitch en ce moment entre John Lilly Timothy Leary ou Buffon

et en vrai si jamais vous avez des préférences n'hésitez pas non plus à me le dire ici

dans les commentaires j'essaierai de prendre ça enfin pas j'essaierai je prendrai ça en compte je biaiserai

un petit peu les résultats si jamais il y a des votes ailleurs voili voilou

sinon vous connaissez les bails ça nous aide enfin ça m'aide toujours beaucoup si jamais

vous parlez de la vidéo autour de vous si jamais vous vous abonnez tout ça

tout ça si vous likez donc n'hésitez pas et gros merci à tous ceux qui le font

très très régulièrement et qui qui me motive à produire des vidéos

de vulgarisation scientifique pas aussi régulièrement que j'aimerais mais quand même pas si peu

régulièrement que ça voilà gros bisous à tous ciao à tous I'll be back